Národní park byl založený 13. února 2002, předtím byl od roku 1973 chráněnou krajinnou oblastí. Je to první biosférická slovenská rezervace od 1. března 1977, kdy byla také zahrnuta do programu UNESCO. V roce 1995 byly jeskyně Slovenského krasu a Aggteleckého krasu začleněné do světového přírodního dědictví UNESCO. Ve správě národního parku se nachází vícero maloplošných chráněných území: 10 národních přírodních rezervací, 6 přírodních rezervací a 16 národních přírodních památek (jeskyně).